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Compute Against Cancer

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Bioinformatik (Krebsforschung)

ja

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Achtung: Bei diesem Text handelt es sich um eine freie Übersetzung aus dem Englischen. Irrtümer sind vorbehalten. Vorschläge und Fehlerkorrekturen, die die Übersetzung betreffen, nehme ich gern entgegen.


Projektüberblick

"Die in Virginia ansässige Pharmafirma Parabon arbeitet zusammen mit dem nationalen US-Krebsforschungsinstitut an einem Projekt, das simulieren soll, wie Krebszellen auf verschiedene Medikamente reagieren. Nur die Medikamente, die erfolgreich den Test absolvieren, werden dann später auch tatsächlich an Patienten getestet. Als nächstes will Parabon neue Wege suchen, um die unangenehmen Nebenwirkungen von Chemotherapien zu reduzieren."

Quelle: HeiseOnline

Setzen Sie Ihren Computer für guten Zweck ein ... die ganze Zeit

Wenn Sie an Ihrem Computer arbeiten, wird seine Leistung einfach verschwendet - Forscher gehen davon aus, dass Computer der Internetbenutzer (ungefähr 200 Millionen weltweit) 90% der Zeit sind untätig sind. Wenn Sie die Pioneer™-Applikation laufen lassen, entsteht weltweit ein starker Supercomputer, der in der Lage ist, Probleme zu lösen in Bereichen wie Krebsforschung und digitale Animation.

Beispiellose Rechenpower auf Befehl

Frontier™ ist die erste Internetplattform, auf der sicher und effizient rechenintensive Projekte für nonprofit-Partner und kommerzielle Klienten laufen können. Laden Sie Frontier-Entwicklungssoftware herunter, um den Eindruck vom Verteilten Rechnen via Internet zu bekommen.

Teilnehmer

Sie haben kostbare Ressourcen

Wenn Sie einen Personalcomputer haben, können Sie Forscher, Wissenschaftler, Ingenieure und Unternehmen ermächtigen, neue Höhen der Produktivität zu erreichen. Wenn Sie Parabons Provider (Teilnehmer) werden, teilen Sie wertvolle, doch oft verschwendete Ressourcen - die unbenutzte Zeit Ihres Computers - mit wissenschaftlichen Einrichtungen und Unternehmen.

Unter Einwendung strenger Sicherheitsprotokolle, "vermietet" Parabon die verschwendete Zeit Ihres Computers, bündelt sie mit der Power anderer Teilnehmer rund um die Welt und verkauft sie als beispiellose Rechenpower an Unternehmen, wissenschaftliche und medizinische Forschungseinrichtungen.

Wie funktioniert es?

Ähnlich wie ein Bildschirmschoner, funktioniert Pioneer nur, wenn Ihr Computer nicht benutzt wird, und arbeitet an Tasks, die vom Parabons Server angefordert werden.

Pioneer mischt sich niemals in die Vorgänge ein, die auf Ihrem Computer während der Arbeit ablaufen. Bewegen Sie die Maus oder drücken eine Taste, und Pioneer verschwindet - bis Ihr Computer wieder ungenutzt steht.

Mit Pioneer setzen Sie Ihren Computer für guten Zweck ein - die ganze Zeit.

Spenden Sie Ihre Computerzeit oder lassen Sie sich bezahlen

Parabon lässt die Berechnungen für nonprofit-Organisationen laufen. Anfang 2001 können auch die kommerziellen Kunden auf das System zugreifen. Wann immer wir kommerzielle Projekte für diese Klienten starten, werden wir Sie für die Benutzung Ihres Computers in Bar entschädigen. Dieses Geld wird auf Ihr Konto gutgeschrieben. Sie haben dann die Möglichkeit, sich dieses Geld auszahlen zu lassen oder einem unserer nonprofit-Partner zu spenden, um ihren Kampf gegen tödliche Krankheiten zu unterstützen.

Gewinnen Sie Bares in Parabons Provider Lotterie

Mit Parabon auf ihrem Computer haben Sie die Möglichkeit, Geld zu gewinnen. Jeden Tag, wenn Ihre Kopie des Pioneers Parabons Server kontaktiert, ist es möglich $100 täglich und $1.000 monatlich zu gewinnen.

Ist es sicher? Was ist mit Viren?

Pioneer ist sicherer als das Surfen im Internet. Vom Grund auf wurde Parabon so entwickelt, dass das Ausführen von Programmen vom Parabons Task ausgeschlossen ist. Ihre Daten und Programme sind sicher mit Pioneer.

Bevor ein Task ausgeführt wird, prüft Pioneer, dass er tatsächlich vom Parabons Server kommt. Der Überprüfungsprozess ähnelt dem, der in elektronischen Sicherheitsschlössern Verwendung findet. Darüber hinaus lehnt Parabon Tasks ab, die eine andere Verbindung als über Parabons Server suchen.

Um die Tasks von anderen Programmen und Daten auf Ihrem Computer zu isolieren, baut Pioneer auf Java™ auf, derselben Technologie, die Ihr Browser benutzt, wenn Sie fremde Seiten besuchen. Da nur gesperrte Tasks mit unüberwindbaren Barrieren auf Pioneer laufen, ist das Programm viel sicherer als Surfen im Web.

Um mehr über die Sicherheitsmassnahmen herauszufinden, lesen Sie die security policy.

Kunden[1]

Frontier™ - Entdeckung von Ihrem Desktop aus

Zugriff auf unerschöpfliche Rechenpower auf Befehl von Ihrem Desktop PC aus. Sind es zusätzliche Rechenressourcen während bestimmter Zeitspannen oder massive Berechnungen zum ersten Mal, Frontier gibt Ihnen, was Sie brauchen. Frontier ist eine sichere Plattform zur Bearbeitung kommerzieller Applikationen via eines weiten, verteilten Netzwerkes, so groß wie Internet oder so begrenzt wie ein lokaler Netzwerk.

Mit Frontier starten und kontrollieren Sie riesige Aufgaben, ohne sich um Hard- und Software zu kümmern. Sie können sich voll auf Ihre Aufgabe konzentrieren. Und das Beste von allem, Sie zahlen nur für die Rechenpower, die Sie nutzen.

Parabon realisiert seine verteilten Rechenlösungen mit Klienten aus unterschiedlichen Branchen. Kontaktieren Sie Parabon, um mehr über seine Produkte und Serviceleistungen zu erfahren.

Schutz des geistigen Eigentums

Wenn eine Plattform errichtet wird, die mit Millionen vernetzten Computern weltweit kommuniziert, muss die Sicherheit höchste Priorität besitzen. Bei der Entwicklung von Frontier hatten Parabons Ingenieure von Grund auf die strengsten Sicherheitsstandards im Sinn.

Frontier benutzt einen Secure Sockets Layer (SSL)-Protokoll bei allen Verbindungen. Entwickelt von Netscape® und als das Transport Layer Security (TLS) von dem Internet Engineering Task Force standardisiert, SSL ist ein allgemein verwendetes Industriestandard für authentifizierte und verschlüsselte Verbindungen.

Bevor ein Task auf dem Computer eines Teilnehmers läuft, wird es kodiert. Seit Parabon alle Kliententasks anonym fährt, wissen Provider nicht, ob ihre Computer einen Job aus Biotechnologie, Chipdesign, Krebsforschung, Film Rendering oder andere Applikationen bearbeitet. Ohne diese Information ist das Reverse Engineering praktisch unmöglich.

Um die Richtigkeit der Ergebnisse zu garantieren, verschickt Parabon laufend Test-Tasks. Die Resultate dieser Berechnungen sind inzwischen bekannt. Kommt ein falsches Ergebnis zurück, werden an diesen Teilnehmer keine Tasks mehr verschickt.

Monatliche R&D-Zyklen, jährliche Steuerausgleiche

Naturforscher finden sich oft in einem Teufelskreis wieder, wenn sie um Finanzierung bitten müssen. Um neue Finanzierung und modernes Equipment zu erlangen, müssen die Forscher Beweise für ihr Konzept demonstrieren. Um aber Beweise für das Konzept darzulegen, brauchen Wissenschaftler Zugang zur modernster Ausstattung. Die Situation ist ausweglos.

Ferner bitten viele Forscher um Finanzierung, basierend auf Entwicklungszyklen, gemessen in Monaten, während Hauptausgaben in jährlichen Perioden erwogen werden. Wenn Wissenschaftler um Finanzierung für Rechenressourcen ersuchen, werden sie oft mit der Frage konfrontiert: "Was werden Sie mit der Anlage tun, wenn das Experiment beendet ist?" Selbst wenn der Großrechner weiterhin eingesetzt werden könnte, ist es schwierig zu zeigen, inwieweit er das Resultat der Forschung beeinflusst hat, und deswegen ist es schwierig, die Finanzierung durchzusetzen.

Frontier eliminiert diese Sackgasse. Wenn die Forscher fertig mit den Experimenten sind, schalten sie dann einfach "die Geräte aus." Es entstehen keine verschwendete Kosten und keine Schulden.

Burst vs. Sustained Power

Wenn ein massives Rechensystem gebraucht wird, möchte der Kunde ein System haben, das kurzfristig eine hohe Performance erreichen kann, selbst wenn das selten der Fall ist. Das wäre ähnlich, als würde man einen 9-achsigen Track mit Anhänger kaufen, nur weil Sie umziehen - das wäre unpraktisch und verschwenderisch.

Dasselbe gilt auch für die Rechenpower. Klienten zahlen hohe Preise, um massive Rechenpower für einige Jobs verfügbar zu machen, während das System den Rest der Zeit ungenutzt verbringt oder minimal ausgelastet wird. Wenn keine Tasks mehr berechnet werden oder die Berechnung nicht alle Systemressourcen braucht, geht der Rest der potentieller Systempower verloren.

Außerdem stellen Wissenschaftler oft fest, dass ihre Anfangseinschätzung der Rechenpower zu niedrig war - sie brauchen weitere Hardware. Burst Power, Leistung, die jenseits der Systemperformance liegt, ist nicht vorhanden.

Frontier löst dieses Problem, indem er die benötigte Leistung individuell und nach Bedarf liefert und sich nur diese bezahlen lässt.

Erste Moorsche Regel und die zweite Moorsche Regel

Nach einer Prophezeiung des Intel-Mitbegründers Gordon Moore im Jahre 1965, würde sich die Rechenleistung etwa alle 18 Monate verdoppeln. Als Ergebnis, die wissenschaftliche und geschäftliche Öffentlichkeit kommen zu dem erhofften Angebot an stetig schnelleren und besseren Computern.

Aber 30 Jahre später beobachtete Moore ein anderes Phänomen, das das Ende dieser Entwicklung bedeuten könnte. Bei der Konferenz der International Society for Optical Engineering im Jahre 1995 legte er fest, was seitdem als zweite Moorsche Regel bekannt ist: Die Kosten für die Chipherstellung werden weiterhin ansteigen (und der Gewinn fallen), bis es unmöglich wird, neue Anlagen zu bauen. Mit anderen Worten: die Entwicklung besserer und schnellerer Computerchips ist zum Erliegen gekommen.

1995 kostete eine einzelne Herstellungsanlage über eine Mrd. US $ oder etwa 1% des jährlichen Umsatzes. Im Jahre 2010 könnte mehr als 100 Mrd. US $ kosten oder 10% des jährlichen Umsatzes.

Im Gegensatz dazu ist der Betrag der Rechenleistung, bezogen über das Internet, relativ billig. Außerdem nimmt täglich die Zahl der Internetbenutzer zu, folgendermaßen der Computer, verbunden über das Internet.

Quelle (1): www.techreview.com/articles/may00/mann.htm
Quelle (2): www.hpl.hp.com/speeches/birnbaum_aps.html

Entwickler

Entfesseln Sie die Leistung des Internet Computing, indem Sie Frontier™ Entwickler werden

In der Vergangenheit konnten nur große Firmen und akademische Einrichtungen Zugang zur massiven Rechenpower erhalten. Doch durch das Verteilte Rechnen, das das Internet möglich gemacht hat, ist diese Möglichkeit jedem zugänglich gemacht worden. Bandbreite, Serverspeicher und Speicherplatzeinschrenkung gehören der Vergangenheit an.

Entwickler, die schon heute das Potential des Verteilten Rechnens über das Internet erkannt haben, haben sich großen Vorteil für morgen verschafft, wenn der Rest der Welt seine Möglichkeit und Anwendbarkeit verstanden hat. Frontier ist die erste kommerzielle Rechenplattform, die eine außenstehende Entwicklung unterstützen kann, und seit für den End-User keine unnötige Geldverschwendung entsteht, wird sich der Markt schnell entwickeln. Setzen Sie früh genug in einen potentiell riesigen Markt.

Partner

Helfen Sie, die Zukunft zu gestalten

Parabon schmiedet Partnerschaften mit Marktführern, die die Zukunft des Verteilten Rechnens unterstützen wollen. Ob Sie auf einen oder mehrere Märkte ausgerichtet sind, Parabons Partner Programme steigern Ihre Reichweite, während Ihre Konkurrenzfähigkeit wächst.

Charakteristische Projekte

Compute Against CancerSM - Rechnen für die Krebsforschung

Ein Computer mit Internetverbindung ist alles, um Sie an dem Kampf gegen Krebs beteiligen zu lassen, und es wird Sie keinen Deut kosten. Laden Sie einfach Pioneer™ runter, um neue Hoffnung Krebspatienten und ihren Familien zu geben. Folgende Projekte werden den Forschern helfen:

  • Verstehen und reduzieren der Nebeneffekte der Chemotherapie
  • Studieren der Struktur und das Verhalten der Krebszellen
  • Bessere Wege finden, neue Krebsmedikamente zu entwickeln

All diese Punkte werden den Forschern helfen, neue Therapien besser und schneller zu entwickeln.

So arbeitet Pioneer: wenn Sie Ihren Computer nicht benutzen, wird seine Rechenleistung verschwendet. Pioneer nutzt diese ungenutzte Rechenleistung, oder „nutzlose Zeit“, um für die Krebsforschung und Parabons kommerzielle Klienten zu rechnen. Nicht alle Tasks, die auf Ihrem Computer laufen, werden der Krebsforschung gewidmet, aber viele werden es sein.

Parabon wird sich zwischen Ihre normalen Computeraktivitäten nicht einmischen. Sobald Sie die Maus bewegen oder eine Taste drücken, verschwindet Parabon wie ein Bildschirmschoner. Und Pioneers javabasierte Architektur läuft auf Ihrem Rechner so sicher wie ein Internetbrowser.

Verbesserung der Lebensqualität der Krebspatienten

In erster Linie werden die Chemotherapiepatienten von dem Programm profitieren. Parabons Frontier™ Plattform wird den Forschern helfen, die Nebeneffekte der Behandlung besser zu verstehen und zu reduzieren.

Eine Studie, die an der West Virginia University durchgeführt wurde, untersuchte Reaktionen von Patienten auf die Chemotherapie, basierend an einer Vielfalt der Faktoren, inklusive Diäten, Medikamenten für die Chemotherapie und der Art wie sie verabreicht werden. Um den richtigen Wert aus der daraus resultierenden Masse der Daten herauszufiltern, müssten die Forscher jede mögliche Kombination dieser variablen Daten durchforsten.

Eine unmögliche Aufgabe? Das ist es, wie es scheint, aber mit der Hilfe der Leute wie Ihnen, ist es nicht nur möglich, sondern praktisch in kurzer Zeitspanne realisierbar.

Die Parabon Applikation arbeitet mit erschöpfender Regression, einer statistischen Technik, die es möglich macht, jede einzelne Kombination anzuschauen und Faktoren zur Verbesserung der Lebensqualität zu identifizieren. Diese Technik, verkuppelt mit der Stärke von Frontier, wird die massiven Bergen mit Daten in nützliche therapeutische Informationen für die Krebspatienten umwandeln.

Die Heilung finden

Parabon arbeitet mit diversen Forschungsinstituten, an oberster Stelle auf dem Gebiet der Krebsforschung, stellt Computerressourcen, um die Entdeckung neuer Behandlungsformen zu beschleunigen, zur Verfügung. Ein großes Forschungslabor sucht nach neuen Methoden, Medikamenten gegen Krebs zu entwickeln, und eine Universität studiert die Struktur und das Verhalten der Krebszellen, um neue Krebstherapien besser und schneller zu entwickeln.

Parabons High-Performance Berechnungslabor ist besetzt mit Computerwissenschaftlern, Biologen, Mathematikern und Statistikern, wessen Job der Support der Kundenprojekte ist, aber auch deren Leidenschaft, die Grenzen der Wissenschaft zu sprengen. Das Labor hat eine neue Applikation entwickelt, die die enorme Leistung von Frontier benutzt, um die Proteinsequenz-Vergleiche durchzuführen. Gestützt auf die öffentlich zugängliche Proteindatenbank, wird dieses Verfahren darauf hinauslaufen, das meist umfassendste und gründlichste als es zuvor je der Fall war. Diese Forschung wird Wissenschaftlern und Medizinern ein fundamentales, besseres Verständnis der Mechanismen normaler und bösartiger Zellen geben, den Weg eröffnen, neue effektivere Krebstherapien zu entwickeln.

Laden Sie jetzt die Pioneer-Applikation herunter, und Sie werden die ungenutzte Kapazität Ihres Computers für diese und jene wichtige wissenschaftliche Projekte spenden, unbemerkt und sicher. In naher Zukunft wird Parabon anfangen, die Teilnehmer zu entschädigen, und Sie werden die Möglichkeit haben, Ihre Verdienste direkt für die Krebsforschung oder andere gemeinnützige Organisationen Ihrer Wahl zu spenden.

Parabons Compute Against Cancer-Program wird den Versuch fortsetzen, effektivere Behandlungsmethoden zu entwickeln, und Projekte zur Verbesserung der Lebensqualität der Patienten und ihrer Familien zu unterstützen. "Und wir haben uns langfristig verpflichtet, nach der Heilung zu suchen".


[1] dieser Text dient rein informativem Zweck und ist nicht als Werbung für den hier genannten Projektbetreiber gedacht.


Client

Wenn ein Task ausgeführt wird, blinkt in der unteren Taskleiste des Clients das Symbol mit dem Computermonitor, und im hier ansonsten leer dargestellten Fenster läuft eine aufwendige Flash-Grafik mit der Werbung für die tägliche 100$-Lotterie (schluckt Performance und ist ziemlich nervig für PC's mit einer älteren Grafikkarte). Ansonsten passiert da nichts: keine Infos zu dem gerade berechnenden Task, keine Fortschrittsanzeige, keine Gesamtstatistiken.

Erklärung zu den Symbolen

Blinkt, wenn der Client an einem Task arbeitet.
Pioneer ist inaktiv
Blinkt, wenn Pioneer Daten herunterlädt
Blinkt, wenn Pioneer Ergebnisse zurücksendet
Ablage für die in der Warteschlange stehenden Tasks
Keine Tasks mehr vorhanden
Leuchtet auf, sobald Internetverbindung aufgebaut ist
Keine Internetverbindung


Letzte Forumbeiträge
xx Find-A-Drug - Projekt wird 16. Dez. beendet.
November 03, 2005, 08:45:14 von Pascal
Find-a-Drug to close

The Find-a-Drug project has now processed more queries than the original 250 we envisaged. We have also targetted most of the recognised protein targets for the major project areas. Where we have been able to obtain experimental data to confirm biological activity, the predictions have exceeded our expectations. Our experience suggests that it will be difficult to find collaborators who will be interested in the results of targetting proteins whose biological function is unknown or of little therapeutic interest.

We have concluded that there are insufficient worthwhile protein queries to continue the project into 2006 and have decided to close the project on 16 December 2005. We will continue to make some new queries available over the coming weeks but will not accept results after the close of the project.

We are obviously very grateful for the contributions of members and will continue to work with our collaborators.
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lamp Muon1 Projekt
März 26, 2005, 02:41:36 von Independence
Hi All,

ich teste gerade das Muon Projekt .

Die Installation ist einfach: Die RAR oder ZIP Datei entpacken und dann das Programm starten.

Als nächstes kommt die Userabfrage beim ersten Start: Da gebt ihr folgendes ein: [MWST]Euren Usernamen
So kann Stephen euch zu unser Team hinzufügen.

Mit der manualsend.bat werden fertig berechnete Aufgaben, zu den verschiedenen FTP Servern versendet.

Die manualsend.bat bitte nur nutzen, wenn der automatische Upload nicht funktioniert! Der automatische Upload
wird bei ca. 100kb Resultdatei ausgelöst.  Smiley

Ich unterstütze das Projekt sogar mit ein FTP Server, welcher zum Upload von fertig berechneten Aufgaben dient, welchen dann Stephen von mir per Script holt.

Ziel:

- - - [Science Aims] - - -
The experiment is called the Neutrino Factory, scheduled for construction some time from 2015.  Its primary aim is to fire beams of neutrinos (fundamental particles) through the Earth's interior to detector stations on different continents.  They're doing this to measure whether they change type en route (there are 3 types of neutrino) and data from this in turn will allow them to determine the neutrino's mass more accurately.

The reason they want to do this is that the neutrino is just about the most common particle in the universe (billions pass through your body every second) and its mass will influence such things as the evolution of the universe and the exact way matter was first formed in the 'big bang'.  In fact, neutrinos make up one quarter of the types of matter particles specified in the current 'standard model' of physics.  In order to progress to more advanced theories of physics, it is often crucial to know the properties of particles to high precision in order to distinguish between the slightly different predictions of alternative theories.

Actually the entire Neutrino Factory complex (estimated to cost at least $1.9bn) will have several scientific aims.  The neutrinos are used for fundamental physics experiments, but the proton beam that is produced at the start (this hits the target rod at the beginning of the simulation you download) is also going to be used in experiments such as neutralising radioactive waste by transmuting the radioactive elements into stable ones, and providing a high intensity source of neutrons for 3D atomic microscopy.  The muon beam that will be coming from the end of the section we are optimising can also be used as the basis for a 'muon collider', a machine that could produce the highest-energy collisions between fundamental particles ever made artificially.

You are simulating the part of the process where the proton beam hits the target rod and causes pions to be emitted, which decay into muons.  These would then proceed to a storage ring and decay into electrons and the neutrinos that are used for experiments.  This is a fairly critical part of the apparatus, which catches the pions and confines some of them into a beam while they decay.  The efficiency of this dictates that of the entire machine because it is built of a lot of acceleration stages 'in series' with each other.  Whether the project eventually gets funded to be built depends on what levels of performance can be achieved with the designs generated during the present R&D.  However, users of this program have already doubled the estimated efficiency of one stage and more are to be optimised in the future.

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xx Updaten des BOINC Clients
Oktober 25, 2004, 05:17:22 von SnakeKaplan
Sers

also ich nutze BOINC für Seti@home und ClimatePrediction. Nun dauert die Berechnung einer Wu bei CP verdammt lange. In der Zeit hat Seti schon auf eine andere vers umgestellt und ich kann an diesem Projekt nicht mehr teilnehmen. Nun würd ich gern meinen Client upgraden ohne die schon halb berechnete WU für CP zu verlieren. Wie geht das genau???

Und nen anderes prob hab ich noch: Bei Seti@home zieht mein Client jedesmal gleich 50 WUs runter, die ich unmöglich alle innerhalb der deadline abarbeiten kann. Auf der Accountpage von Seti@home Boinc vers konnte man früher mal einstellen, für wieviele Stunden genug Rechenvorrat den Speicher füllen soll. Dieses Feld gibts jetzt aber nicht mehr...... Traurig Unentschlossen Augen rollen
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xx GIMPS: Neue Mersenne-Primzahl (wahrscheinlich) gefunden !
Mai 21, 2004, 06:59:45 von Thomapyrien
Hallo zusammen,

hier eine Meldung von Heise online:

Neue Mersenne-Primzahl

Internette Grüße
Thomapyrien
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exclamation Find a Drug hat nun Aids noch im Programm!
Juli 02, 2003, 09:30:47 von Independence
FAD hat nun noch den Kampf gegen Aids aufgenommen! Seit gestern kann man sich die WU's ziehen, wenn man sie im Client eingestellt hat! Lächelnd

Tolles Projekt mit großen Angebot und man kann selbst auswählen für was man crunchen tut! Einziger Nachteil sind die heftigen Crunchzeiten, es komt aber auf die WU's an!

HIV bei FAD
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Zuletzt geändert: 10. February 2010

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