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Bioinformatik (Krebsforschung)

nein

-

Dies ist eine kurze Beschreibung des Originalinhalts. Siehe dazu den Gästebucheintrag von [w31]Fireviper.


Vorwort

Einer von vier Menschen wird irgendwann mal in seinem Leben an Krebs erkranken. Die hohe Sterblichkeit der Erkrankten, die qualvollen Nebeneffekte derzeit existierender Therapien und die hohen Kosten der Behandlung steuern dazu bei, Krebs zum Ziel Nummer 1 in der Medikamentenentwicklung zu setzen.

Das Intel-United Devices Cancer Research Programm ist gesponsert von Intel und wurde speziell entwickelt, um nach neuen Medikamenten gegen Leukämie zu suchen. Das Projekt bietet Ihnen die Möglichkeit, Ihren PC zur Verfügung zu stellen, um den Prozess der molekularen Forschung voranzutreiben, geleitet von Department of Chemistry at the University of Oxford in England und the National Foundation for Cancer Research.

Projektübersicht

"Zu Beginn erhält jeder Anwender, der das Programm auf seinem Rechner installiert, 100 Moleküle über das Internet zugeschickt, zusammen mit einem Medikamenten-Design-Programm mit Namen Think und einem Protein-Modell, von dem bekannt ist, das es an der Entstehung von Krebs beteiligt ist. Think untersucht dabei die Moleküle auf ihr anti-kanzerogenes Potenzial, indem es dreidimensionale Computermodelle der Moleküle erstellt und die Interaktionen mit dem Protein austestet. Interagiert ein Molekül positiv mit dem Protein, dann registriert das Programm diesen Treffer und wird für die weitere Erforschung per Internet zurück an einen zentralen Server geschickt. In der ersten Phase suchen die Forscher zunächst nach Molekülen, die die Bildung jener Enzyme unterdrücken könnten, die das Wachstum neuer Blutbahnen zu Tumoren anregen, und die gegen jene Proteine wirken, die für das Zellwachstum und Zellschäden verantwortlich sind. Nach und Nach sollen aber neue Untersuchungen dem Projekt hinzugefügt werden."

Quelle: HeiseOnline

Wissenschaftlicher Hintergrund

Als erster Schritt, neue Medikamente und eine potentielle Heilung gegen Leukämie zu entwickeln - bei Kindern die Todesursache Nr. 1 - müssen Forscher Hunderte Millionen potentiell krebsbekämpfender Moleküle auswerten. NFCR-Wissenschaftler schätzen, dass diese Aufgabe mindestens 24 Millionen Stunden in Anspruch nehmen wird. Heimcomputer wie der, den Sie gerade benutzen, in das Projekt zu integrieren, würde die größte biologische Berechnung der Geschichte entstehen lassen und zu schnelleren Ergebnissen führen. Abhängig von den Ergebnissen des Tasks, könnte die Zeit, die nötig ist, neues Medikament auf den Markt zu bringen, von zwölf auf fünf Jahren verkürzt werden.

THINK, ein Medikamenten-Optimierungsprogramm, wertet vier Proteine aus. Einer dieser vier Proteine wurde identifiziert, als der entscheidende Verursacher für die unkontrollierte Produktion der Leukozyten verantwortlich zu sein; es lahmzulegen, könnte eine potentielle Heilung für die Leukämie bedeuten. Die drei anderen Proteine in der Simulation sind sehr wichtig für das Fortschreiten der Krankheit, und sie stehen im Verdacht, auch den Wachstum anderer Krebszellen positiv zu beeinflussen. Eines dieser Proteine stillzulegen, könnte vielleicht die Entwicklung der Leukämie sowie anderer Krebsarten verlangsamen.

THINK (ScreenShots)

THINK-Client THINK-Client

LigandFit

LigandFit ist eine Anwendung der Phase II des Cancer Research Projects, die die Ergebnisse der Anfangsphase genauer analysiert.

Start der Anwendung

Jedes Mal beim Start des Clienten muss die molekulare Gitterstruktur des Proteins berechnet werden. Dieser Prozess kann je nach Geschwindigkeit der verwendeten CPU einige Minuten in Anspruch nehmen. Während dessen erfolgt keine Berechnung der Moleküle, und die Fortschrittsanzeige zeigt 0 von xxx ligands (Liganden) an. Das ist normal. Der Client hat keine Daten verloren.

Dateien

Da jetzt die Daten aus der ersten Phase des Projekts weiter verfeinert werden, könnten die mit LigandFit erzeugten Dateien mehrere MB groß werden. Sie werden jedoch komprimiert, bevor sie gesendet werden. Die Größe der zu sendenden Datei dürfte im Durchschnitt um die 500 KB groß werden.

Grafiken

1. Um den Prozess zu optimieren, verzichtet das Programm auf die Ausgabe der Grafik, falls Sie nicht über genügend Systemspeicher verfügen.

2. Die Grafik in dieser Version des Clienten wird unter Verwendung des OpenGL gerendert. Sollten dabei Probleme auftreten, stellen Sie sicher, dass Sie über den neusten Treiber für Ihre Grafikkarte verfügen.

3. Wenn die Grafik nicht in Gebrauch ist, bleibt sie auch nicht im Speicher. Das optimiert die Verarbeitung der Daten, hat aber zur Folge, dass es zu einer kurzen Verzögerung kommt, wenn man zur grafischen Anzeige wechselt.

4. Es wird keine Rechenleistung für das Rendering der 3D-Grafiken verschwendet, es sei denn, Sie wechseln zur grafischen Darstellung.

5. Um die Grafik möglichst interessanter zu gestalten, können Sie die Moleküle in unterschiedlichen Darstellungsmodi zu sehen bekommen. Im Gebrauch sind insgesamt 3 Darstellungsarten in der Anwendung. Die Darstellung des Proteins könnte sich von WorkUnit zu WorkUnit ändern; es könnte mal in voller Größe als auch aus unterschiedlichen Blickwinkeln herangezoomt dargestellt werden.

6. In der aktuellen Version sind die Proteine und Moleküle (ligands) nicht namentlich gekennzeichnet. Das sollte sich in einem späteren Release ändern. Manchmal werden Sie feststellen, dass einige Proteine oder Moleküle zu groß dargestellt, so dass die Ecken am Fensterrand abgeschnitten werden. Das sollte sich ebenfalls in einer späteren Version ändern.

Download des Clienten

Der neue LigandFit-Client installiert sich automatisch aus der alten THINK-Anwendung heraus. Falls Sie nicht im Besitz der alten Version sind, können Sie gleich die neue hier herunterladen.

ScreenShots

LigandFit-Client LigandFit-Client

LigandFit ist ein Medikamentendesignprogramm, das Hunderte von Millionen Molekülen analysiert und prüft, ob sie mit dem Zielprotein interaktieren. Wie bei dem Vorgängerprogramm THINK werden auch hier dreidimensionale Moleküle als Kugelstab- oder Kalottenmodel dargestellt, die leicht rotieren, während sie berechnet werden.

Siehe auch: D2OL


Letzte Forumbeiträge
question UD Cancer Projekt (Info)
Februar 10, 2007, 09:48:11 von Independence
Hallo ihr Cruncher,

wer ist hier noch aktiv dabei oder auch nur gelegentlich?

Viele Grüße,

Indy
2 Kommentare | Kommentar schreiben

question UD Agent
Dezember 09, 2005, 11:49:10 von Basse
Moin Leute!!!
Ich habe mir den UD Agenten runtergeladen und wollte eigentlich auch gleich los legen!!!Aber das Programm will nicht!

Ich bekomme immer eine Fehlermeldung!!!!
The username or password that you have provided does not match the one in our records

Was mach ich nur Falsch???
0 Kommentare | Kommentar schreiben

xx Kraefte konzentrieren
März 27, 2005, 05:10:26 von tsmgo
Hallo,

was haltet ihr den davon wenn wir unsere Muehlen mal alle an einem bestimmtes Wochenende auf dieses Projekt loslassen wuerden? Waere doch bestimmt mal interessant zu sehen was dabei an Punkten herraus springt. Schreib doch mal was ihr dazu denkt dann beleben wir das Forum auch gleich auch noch einmal.

Frohe Ostern aus Amerika
tsmgo
17 Kommentare | Kommentar schreiben

xx laegt mal den Riemen auf die Orgel
Dezember 06, 2004, 05:14:48 von tsmgo
hallo,

ich bin euer Team vor ca 14 Tagen beigetreten und arbeite seit dann fuer UD. Ich versuche meine Muehle so viel es geht laufen zu lassen bin aber kein 24/7ner und werde es vorraussichtlich auch nicht so schnell werden. Dennoch gibt mal lieber gas da vorne, ich komme mit grossen Schritten ;-).

bis bald
tsmgo
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xx Neues Team bei World Community Grid gegründet !
November 18, 2004, 02:29:04 von Thomapyrien
Hallo zusammen,

habe gerade mal ein neues Team bei World Community Grid gegründet, also schnell beitreten und mitcrunchen  Zwinkernd

Das Team heißt "ScienceLab Germany", ihr müßt euch also erst die Software downloaden, installieren und dann dem Team beitreten !

Ist wPoeinlich die gleiche Basis-Software wie die von United Devices, sieht genauso aus, hat nur andere Farben  Smiley

Internette Grüße
Thomapyrien

7 Kommentare | Kommentar schreiben
 

Direkt zu Intel-United Devices Cancer Research Project zur Projektübersicht

Zuletzt geändert: 10. February 2010

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