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Bei diesem Bericht handelt es sich um eine gekürzte Fassung des
Originalinhalts der Projektbetreibers.
Vorwort
Die Website des Projektbetreibers
wird von evolutionary-research (dt. Evolutionsforschung) betrieben, einer
jungen Organisation für evolutionäre Bioinformatik. Ihr Ziel ist es,
Evolutionsfaktoren und ihr Zusammenspiel zu erforschen.
Während Wissenschaftlern nach wie vor eine langfristig
entscheidende Rolle zukommt, kann die Öffentlichkeit etwas beitragen, wovon
Experten im allgemeinen viel zu wenig haben: und das ist Rechenpower!
Es ist das erste global verteilte Rechenprojekt, das sich
mit evolutionären Fragestellungen beschäftigt, indem es komplexe
Simulationsaufgaben auf viele PCs verteilt. Während Sie also Nachts in Ruhe
schlafen, berechnet Ihr Computer die Wirkung verschiedener evolutionärer Kräfte:
- auf das Überleben
gefährdeter Arten oder
- auf die Evolution neuer funktionaler Anpassungen
Da es in der Evolutionsbiologie unzählige verschiedene
Fragestellungen gibt, ist es unmöglich, ein Programm zu schreiben, welches
alle beantworten kann. Daher werden spezifische Fragestellungen in Form
bestimmter Modelle in spezielle Client-Software eingebaut. Sie werden sich
aussuchen können, was Sie am interessantesten finden und können dann an
dieser Frage mitarbeiten, indem Sie sich das entsprechende Programm
herunterladen. Dieses holt sich die Rechenaufträge vom zentralen Server und
sendet - nach abgeschlossenen Berechnungen - auch die Ergebnisse dorthin.
Von Zeit zu Zeit werden die gesammelten Resultate dann ausgewertet und veröffentlicht.
Wissenschaftlicher
Hintergrund
Der
erste Simulator in dieser Serie wird sich mit dem Aussterben
bedrohter Tierarten beschäftigen. Wie die meisten Leute wissen, gibt es
viel mehr nachteilige Mutationen als vorteilhafte.
Es
ist aber noch vergleichsweise unbekannt, dass solche Mutationen -
vorausgesetzt sie haben nur geringfügige Auswirkungen - eine Population
langfristig zum Aussterben bringen können. Dieser Prozess ist aus der
theoretischen Populationsgenetik bekannt und nennt sich Mullers Ratsche. Die
Ratsche kann asexuelle Populationen bedrohen, wenn bestimmte Mutationsraten
in diesen Populationen zu hoch sind. Um mehr über diesen möglichen Grund für
das Aussterben von Populationen herauszufinden, wird der erste Simulator
Populationen nachbilden, in denen Mutationen verschiedener Effekte
stattfinden. Diese Simulationen werden mit dazu beitragen, Formeln zu überprüfen,
die zu Mullers Ratsche entwickelt wurden. Außerdem wird man mehr über die
Rolle von Mullers Ratsche in der Natur herausfinden.
Das
Rechenmodell
Die
Welt ist hoffnungslos kompliziert und wir Menschen können nicht alles auf
einmal verstehen. Darum bauen Wissenschaftler Modelle. Jedes Modell ist eine
Vereinfachung der Realität, bei der es darum geht, das Wesentliche auszudrücken,
während nicht so wichtige Details weggelassen werden.
Letztendlich
werden die Modelle am erfolgreichsten sein, die am schwierigsten zu
widerlegen sind und die die meisten Daten erklären. Um also herauszufinden,
wie ein bestimmtes biologisches System am besten beschrieben wird, müssen
verschiedene relevante Modelle getestet werden. Und das ist eine große
Aufgabe.
Schon
ein Modell mit relativ wenigen Eingabeparametern erfordert eine große Zahl
von Simulationen um eine Vorstellung von der Struktur des mehrdimensionalen
Parameterraumes für dieses Modell zu bekommen. Das ist mehr als ein
Computer berechnen kann. Daher wird diese Aufgabe auch auf viele
verschiedene Computer verteilt.
Ein
zentrales Thema der nächsten Simulatoren sind die Folgen von spontanen
nachteiligen Mutationen mit kleinen Wirkungen. Diese können sich über
evolutionäre Zeiträume in Populationen ansammeln, wenn die Selektion nicht
stark genug ist, um sie zu beseitigen. Wenn dieses Aufhäufen nicht
irgendwie gestoppt wird, können diese Mutationen das Aussterben einer Art
bewirken. Da es aber einige biologische Prozesse gibt, die eine solche Art
vom Aussterben bewahren können, ist noch nicht klar, welche Rolle die Anhäufung
geringfügig nachteiliger Mutationen tatsächlich spielt. Die nächsten
Simulatoren beschäftigen sich mit einigen dieser Prozesse und werden
mithelfen einzuschätzen, wie effektiv sie dabei sind Populationen vor dem
Aussterben zu bewahren.
Client
Den Clienten gibt es zur Zeit nur als Text-Only-Version. Das Programm muss
noch weitgehend manuell bedient werden: die Work Units oder Keys holt man sich von
der Seite des Projektbetreibers ab (es handelt sich dabei um HTML-Seiten, die
als Text abgespeichert werden müssen). Die heruntergeladene Textdatei muss
anschließend als run.txt umbenannt und in das Verzeichnis, in dem der Client
installiert ist, verschoben werden. Der Schlüssel enthält Informationen über
die Evolutionen und deren Anzahl, sowie die voraussichtliche Dauer der
Berechnung. Die Simulation wird durch einen Doppelklick
auf den Clienten gestartet. Leider wird man im Dunkeln gehalten, was der
Client tut und wie weit er mit der Simulation ist, ausgenommen einiger
Informationen über die Populationsgröße, deren Fruchtbarkeit und
Mutationskonstante. Die Priorität des
Programms ist sehr niedrig; niedriger als die von SETI@home
oder THINK. Das heißt, evolution@home bekommt
keine CPU-Leistung ab, wenn daneben noch ein Projekt läuft - für
diejenigen, die gleichzeitig an zwei Projekten rechnen.
Um die Simulation anzuhalten, muss eine leere Textdatei break.txt im gleichen
Verzeichnis, wo sich der Client befindet, erstellt werden. Wenn der Client nicht
auf diese Weise beendet wird, werden die Ergebnisse nicht gespeichert. Das Programm bricht
selbst ab, sobald die Simulation komplett ist. Die Ergebnisse, ebenfalls in Form
einer Textdatei (S005_RESULTS.txt) müssen als Anhang an den Projektbetreiber
gemailt werden.
Add-on
Ein kleines Zusatz-Tool zur Überwachung des Clients. Kann [hier]
heruntergeladen werden.
Siehe auch: Lifemapper
 Textclient für Lifemapper
Oktober 02, 2003, 08:09:31 von E.T.Seit dem 26. September gibt es den Lifemapper-Client auch als Command Line Version für Windows, RedHat Linux und Mandrake Linux. Im Gegensatz zu der Grafik-Version beansprucht der Textclient nur etwas mehr als 1 MB RAM-Speicher. Ideal für schwächere Computer.
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Neues Mitglied im Lifemapper-Team: pureone
August 18, 2003, 05:32:07 von E.T.Unser Lifemapper-Team unterstützt ein neues Mitglied: pureone aus England. Welcome in our Team, pureone!  | Kommentar schreiben
 cmf3136 & Tom Herzlich Willkommen im Lifemapper Team!
Herzlich Willkommen im Lifemapper Team  ! cmf3136 kommt von Cuba und Tom von United Kingdom. Viel Spass beim Crunchen, wünscht das Matrix World Team!  | Kommentar schreiben
 Lifemapper Update auf Version 1.1.0.1!
Das oben genannte Update steht zur Verfügung! Ihr müßt bei Lifemapper oben auf File gehen und dann auf Update! | Kommentar schreiben
 Lifemapper-Projektbeschreibung
Mai 11, 2003, 10:18:30 von E.T.Die Beschreibung zu dem Projekt ist endlich online. Hat mich etwas Zeit gekostet, den Text zu übersetzen und einigermaßen verständlich aufzubereiten. Wenn’s an einigen Stellen vielleicht etwas hölzern klingt, dann war ich mit meinen Übersetzungskünsten am Ende. | Kommentar schreiben
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Zuletzt geändert: 16. February 2010
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evolution@home
